アクエリオン

第1話天翅の記憶

創聖紀００１１年の地球。１１年前の大異変により、南極の氷が溶解し１万２千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、“堕天翅族”が蘇った。彼らは生体エネルギー“プラーナ”を摂取するため次々と人間を捕獲していった。一方、大異変後に設立された地球再生機構ディーバでは「エレメント」と呼ばれる少年少女たちが各地から集められ、かつて堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器「機械天使アクエリオン」の搭乗者となるべく特訓を受けていた。エレメントのひとり、リーナの予言により、ピエールとシルヴィアは救世主となるはずの“太陽の翼”を探しに氷の街に向かう。しかし、ターゲットの少年アポロは、盗んだ食料で生き延びている、獣のようなストリート・チルドレンだった。

第2話闇の獣

氷の街で親友のバロンを堕天翅族に連れ去られてしまった少年アポロは、何者かに導かれるようにソーラーアクエリオンに合体、一撃でケルビム兵を粉砕する。一方、合体はできたものの、収穫獣の攻撃を受け合体を解かれてしまった麗花は、その戦闘で重態に陥ってしまったグレンに対し責任を感じるのであった。そしてまた、アクエリオンの復活によって、堕天翅族の前衛指揮官トーマも１万２千年の永き眠りから目覚める。

第3話エレメントスクール

ディーバに新しいエレメント候補生がやってきた。つぐみとジュンである。彼らを加えたエレメント候補生たちは合体シミュレーターでの訓練を行う。しかし、アポロとシルヴィアの呼吸は合わず、つぐみとジュンも極度の緊張で実力を発揮できないまま、訓練は不審な爆発によって中止してしまう。 訓練後、捕らわれた親友バロンのことを思い、シミュレーターにひとり残るアポロに対し、ソフィアは“パートナーシップ”について語る。

第4話はだしの戦士

眠りから目覚めたトーマは最長老ヨハネスに対し、太陽の翼の力を用いて生命の樹を進化させ、天翅族の新たな世界を生み出すことを提案する。一方、ディーバでは不動の「裸足になれ！」との一喝のもと、不可解な特訓が始まる。不動は足跡を一瞥しただけでエレメントたちの心理や弱点を読みとってしまうのだ。訓練後、不動のからくりを明かそうとするシルヴィアとアポロのもとにリーナが現れ、不動を“天地を貫く光の柱”と例える。

第5話地下迷宮の王

アポロは堕天使族に連れ去られた親友バロンを助け出すため、単身アトランディアに乗り込むことを決意し、寄宿舎を抜け出す。不動はエレメント候補生たちに、アポロの追跡を特訓として命ずる。行き先はディーバ基地の地下。そこは巨大な地下迷宮となっていたのだ。次々と脱落していってしまう候補生たち。そんななか、シリウス、ピエール、麗花、シルヴィアがアポロに迫る。

第6話想い彼方へ

不動はエレメント候補生たちに、遠く離れた場所にいる相手に自らの魂のイメージを届け、振り向かせる特訓を命ずる。しかし、なかかなかアポロたちの想いは思うように届かない。距離が遠すぎるのだ。不動は「距離も時間も人の心の迷いが生み出す幻」とアポロたちに説く。そんななか、堕天翅トーマは、近くに見えて届かない「月」の力をケルビム兵に授け、アポロたちに襲いかかる。

第7話深紅の薔薇の騎士

旧アリシア王国の王子であるシリウス。彼は美しいものをこよなく愛し、時に詩を口ずさむ。それは戦闘中でも同様である。彼の戦いぶりを見た聖天翅・頭翅（トーマ）は本当の美を見せようと新たな神話獣アンティクトンを送り込む。そんななか、ギリシアのオノマクリトスの作とされる宝石に関する本「リティカ」をめぐり、アポロ、シルヴィア、シリウス、麗花の関係はぎくしゃくしていた。

第8話はじめてのがったい

1軍のメンバーのなかで、つぐみとジュンだけは未だに実戦で合体したことがない。しかもどうやら合体するとシミュレーターでは味わえないほどの気持ちよさが得られるらしい。そこでつぐみは麗花に、“はじめてのとき”についての心構えを聞く。ジュンもまたピエールにアドバイスを請うのだった。そして、翌日、シミュレーター訓練中にまたもや謎の爆発事故がおきるのだった。

第9話夢のかよひじ

夜毎、世界中の各地で子供たちが眠りからさめない事件が多発する。どうやら神話獣の精神攻撃らしいと判断したディーバ。不動はエレメントたちに特訓を命ずる。しかし、不可解な特訓の内容に困惑するアポロたち。そんななか、シリウスや麗花たちまでもその攻撃を受けてしまう。 アポロたちはシリウスたちを救うため、ベクターマシンに向かう。

第10話空に星、地に花

命令を無視してヘッドとなりアクエリオンに合体したアポロ。そこに原型翅・錬翅（レンシ）が命を吹き込んだ新型ケルビム兵が現れる。ケルビム兵には戦翅・両翅（モロハ）が乗り込み、そのパワーは計り知れない。両翅の激しい攻撃にアポロたちは手も足も出ず、ついにシルヴィアは重症を負ってしまう。駆けつけたシリウスはシルヴィア負傷の原因を作り出したアポロに殴りかかる。

第11話水底のしあわせ

初めての合体のとき、堕天翅族にさらわれた人々の思念攻撃を受けて以来、それがトラウマとなってしまい合体することができない麗花。彼女の不幸を呼んでしまう体質とあいまって、周りの人々をさらに不幸にしてしまう。雷鳴は轟き、PCは壊れ、重態のグレンも一向に快方に向かわない。責任を感じた麗花はディーバを去る決意をする。

第12話琥珀の時

密林の遺跡から、堕天翅のものと思われる琥珀に包まれた「羽」が見つかった。堕天翅族の秘密が記されている可能性があるため、早速研究が進められる。リーナは羽から不思議な力を感じ、気を失ってしまう。不動はなぜか何人もこの羽に触れることを禁ずる。 その「琥珀の羽」を取り戻そうと、ディーバに頭翅と音翅を乗せた新型ケルビム兵が迫る。

第13話一万二千年のラブレター

圧倒的なまでの強さを誇る頭翅と音翅が駆るケルビム兵。アポロとつぐみの渾身の必殺技を受けてすら、その機体は無傷である。岩肌に押し付けられ、ソーラーアクエリオンは身動きすらとれない。そのアポロたちに、頭翅は前世の記憶を忘れてしまったのかと悲しげに問う。そして、トーマは人質となっていたバロンをアポロたちの目の前に突き出す。

第14話光る影

シルヴィアはアポロの過去の体験を自分自身の体験のように夢を見てしまっていた。辛いバロンの記憶も自分の記憶のように。そこでシルヴィアはソフィアのもとを訪れ、その原因についてたずねる。アポロも羽に触れることでアポロニアスの記憶を蘇らせるが、それが本当にアポロニアス本人の記憶なのか定かではないとソフィアは説く。一方、琥珀の羽を破壊したと頭翅は夜翅に報告をする。そこで頭翅の持つ兜の秘密が明かされる。

第15話初恋のアクエリオン

アクエリオンに合体すると、すべての感覚が研ぎ澄まされ、他のエレメントの超感覚までもが自分のものとなる。つまり“気持ちがいい”のだ。いつも陽気なはずのピエールの様子がおかしい。つかれきった様子で、授業でも上の空でボールペンのキャップをはめたり、はずしたり、クロエのスカートのなかが見えても、いつものピエールなら大喜びのはずが気づいてもいない始末。そう、ピエールの体にある異変が起こっていたのだ。

第16話黒い鏡

ホラー映画を観ておののくピエールたち。そこに登場する吸血鬼はリーナにそっくりなのだ。ジュンやつぐみの首筋に２つの穿たれた咬み痕が見つかる。それは吸血鬼によるものではないのか？そして、アポロもリーナに血を吸われたことがあると告白する。ジュンやピエールたちは、リーナが吸血鬼ではないのか、さらには堕天翅族の送り込んだスパイと疑いだす。それに対し、シルヴィアだけはリーナを庇う。

第17話食べたくて合体

お兄様に嫌われないため、アクエリオンを的確に動かすため、先輩のアドバイスだから、と三者三様の理由でダイエットを始めるシルヴィア、麗花、つぐみ。しかし、「食べたいのに食べられない」というストレスをコントロールできなくなり、ついに彼女たちは「食べ物など消えてなくなってしまえ！」と夢の中で念じる。それを見ていた小天翅・双翅（フタバ）はある攻撃を仕掛ける。

第18話魂のコスプレイヤー

自分勝手な行動で収穫獣を取り逃がしてしまうアポロ、シリウス、シルヴィア。思うのは自分のことばかり、相手の気持ちがまったく汲み取れないのだ。そんなアポロたちに不動は「相手に身になりきってみろ」と特訓を課す。 特訓を前に、ジュンは自らのとある趣味を披露する。

第19話けがれなき悪戯

アポロニアスに裏切られた自分を忘れぬ証としてその翅を兜として飾る頭翅。その想いを知らず、堕天翅族最後の子供天翅・双翅（フタバ）はアポロニアスの翅と、囚われたアポロの仲間チビコを使ってアポロたちに恐るべき作戦を開始する。出撃したアポロたちは消息を絶ってしまい、テレポートチェンジしたはず麗花も戻らなくなってしまう。

第20話天翅の翅音

太陽の翼との戯れ事――戦いを思いのほか気に入った双翅は、智翅（シルハ）の静止を聞かずにあまたのケルビム兵を従え、街を襲いはじめた。その攻撃は、無邪気であるが故、人類にとっては苛烈なものであった。無差別攻撃にアポロは怒りをあらわにし、シリウスは鳴らしてはならない翅音だと警告する。一方、新国連軍はヘクサグラム型高次元量子結界システムの完成によって、カゴメ・オペレーションを発動する。

第21話紅い道

双翅はカゴメ・オペレーションによって人類に捕えられた。その翅は新型兵器の開発のために引きちぎられてしまう。最愛なる者を奪われた怒りに燃える頭翅は、同じだけの愛を奪うべく、漆黒の最強ケルビム兵とともにディーバに向かう。かつて、アポロニアスが導かれた紅い道が、再びこの世に現れる時が迫る。

第22話見えない翼

ディーバ基地は旧アリシア王国の跡地に建設されていた。その地の奥底には何が隠されているのか。遂に不動がその秘密をソフィアに明かす。そして、シリウスとシルヴィアのリストバンドの下の秘密もエレメントたちに明かされる。

第23話翼、儚く

堕天翅としての力に目覚めたシリウスが操るケルビム兵に、アポロたちの攻撃は全く歯が立たない。絶体絶命の危機を救ったのは、ディーバが密かに開発していた強攻型アクエリオンだった。そして、そのパイロットは意識不明のまま行方不明となっていたグレンである。グレンは重傷から回復していたのだが、彼には捕獲された堕天翅・双翅の羽が植えつけられていた。

第24話天空のゲート

遂に堕天翅の総攻撃がはじまった。世界各地に天空のゲートが出現、無数の胞子が降り注ぐ。胞子に触れた人類は次々と植物化し、集められたプラーナにより生命の樹はその実を結実させるほどに成長する。深刻な状況に、新国連軍は捕らわれた人々もろともアトランディアを壊滅させる作戦を計画する。壊滅計画を知ったディーバは、捕らわれた人々を助けるべくアトランディアへ出撃することを決意する。

第25話決戦！！アトランディア

ついにアトランディアへの亜空間回廊が開かれた。新国連軍の強攻型ベクターマシンが、アポロたちの先を越すように、次々とアトランディアになだれ込んで行く。捕らわれ人もろともアトランディアを壊滅させようとする新国連軍、迎え撃つ無数の堕天翅族のケルビム兵。壮絶な戦いの中、ディーバは捕らわれた人々を助けることができるのか。

第26話世界のはじまりの日

セリアンの魂はシリウスとシルヴィアの兄妹に分かたれていた。一万二千年の想いを込め、頭翅の操る刃がシリウスの乗ったベクターマーズを刺し貫く。瀕死のシリウスを目の当たりにし、激しい憤りに突き動かされたアポロは、生命の樹の下で頭翅のケルビム・ヴェルルゼバとの最後の決戦を迎える。

第1話終末(おわり)を抱いた神話的禁じられた合体スペシャル

かつてアクエリオンが繰り広げた激戦が神話となって１万２千年後。地球は次元ゲートの彼方より襲い来る無人機「アブダクター」の脅威にさらされていた。対するは、ネオディーヴァが運用する「アクエリア」。男女の合体が禁止されている神聖なる合体兵器のみであった。かりそめの平穏な日常の中「アクエリアの舞う空」という映画を上映していた少年アマタは、ガランとした映画館の中で少女ミコノに出逢う。頬には一滴の涙。アマタはとっさにミコノをデートに誘う。その出逢いが運命的なものであるとは知らずに。

第2話終末(おわり)を抱いた神話的禁じられた合体スペシャル

かつてアクエリオンが繰り広げた激戦が神話となって１万２千年後。地球は次元ゲートの彼方より襲い来る無人機「アブダクター」の脅威にさらされていた。対するは、ネオディーヴァが運用する「アクエリア」。男女の合体が禁止されている神聖なる合体兵器のみであった。かりそめの平穏な日常の中「アクエリアの舞う空」という映画を上映していた少年アマタは、ガランとした映画館の中で少女ミコノに出逢う。頬には一滴の涙。アマタはとっさにミコノをデートに誘う。その出逢いが運命的なものであるとは知らずに。

第3話トキメキ指数☆急上昇

有人型アブダクターの襲来から身を守るため、禁断の男女合体を成し「アクエリオンＥＶＯＬ」を目覚めさせたアマタとミコノ。彼らはネオディーヴァがエレメントを養成するために運営している学園に連れてこられることとなる。その学園の名は「聖天使学園」。「ベルリン」という高い高い壁により、男女が隔てられている学園であった。禁断の力を目覚めさせたアマタとミコノは、その学園で一躍注目の的となっていた。

第4話壁〜conquer oneself〜

全身全霊を賭け、アマタはミコノへの謝罪を果たす。しかし、エレメント能力がないと判断されたミコノは聖天使学園を去る決意をし、もやもやしたものを抱きながら学園を去る。一方、アルテア界最年少の戦士ジンの率いるアブダクターがレアイグラーの採取をするためネオクーロンへと襲撃をかける。これまでにない統制のとれたアブダクターの動きに、アクエリアは苦境に立たされるのであった。

第5話恋愛禁止令

アクエリオンの謎を解明する為に旅をしていた不動総司令とクレア理事長がネオディーヴァに帰還した。クレアにより明かされるアクエリオンの秘密。アクエリオンは”恋”が”恋愛”に達するギリギリの感情でこそすさまじい力を発揮するという。ベルリンの壁が崩壊し喜ぶ生徒たちを前に言い放たれた言葉は「恋愛禁止」。男女混成チームによる”恋愛”に発展することは許されない”恋”の寸止め特訓が始まる。

第6話生命のアジタート

アマタとミコノの前に突然現れたカグラは、ミコノの匂いを嗅ぎ「臭い」と言い放つ。ミコノを連れ去ろうとするカグラと阻止しようとするアマタ。この”禁断の出逢い”は３人の胸に強烈な印象を刻むのであった。更なるアブダクターの襲来によりカイエン、ゼシカ、アンディが出撃を命じられる。激しさを増すアブダクターの攻勢。サザンカがドナールになぜ訓練で常に優秀な成績を誇るシュレードが実戦に出ないのかと疑問を投げかける。

第7話真夜中の少女

男女共学になったにも関わらず、男女の間に壁を感じていたアンディは席替えを提案する。しかし、望むような席にならず悔しいアンディは皆の注目を集めるため、消えたエレメントの生徒、「恐怖のぬいぐるみ」の話をし始めた。その夜、アマタとゼシカが一緒に帰っていると、廊下に転がっているぬいぐるみを目撃する。そして、どこからともなく不気味は鼻歌が聞こえてきた。

第8話さらけだせ

アンディが穴で発掘した謎の古文書、それは”禁断のアクエリオン”を自在に操る術が載っているという伝説の「双星の書」なのか？古代文字をスラスラと解読するＭＩＸに興味と期待の目差しが注がれた。一方、前回の戦闘で完敗を喫したジンは万全の対抗策をたて、重装甲型ラディウス・グニスに搭乗する。そして、ヴェーガへと再び進攻を開始するのであった。

第9話男と女のアナグラム

“穴”を掘るのが生き甲斐、“穴”は人生そのものだと明言するアンディ・Ｗ・ホール。一方、“穴”を異様なまでに毛嫌いをするMIX。アンディはMIXに穴を侮辱され怒りを露わにするが、MIXの“穴嫌い”になった原因を聞いてしまう。アブダクターの襲来に、不動の命令で共に出撃する事になったアンディとMIXだった。

第10話隻眼の転校生

アクエリオン・スパーダにグニスを撃破され地球に降り立ったジンは、イズモより『真実のイヴ』になりうるレア・イグラーの探索及び機械天使の奪取を命じられる。ネオディーヴァに転入予定だった生徒の経歴を詐称したジンは“アクバルジン・バドバヤール”として学園への転入に成功。しかし、学園生活に馴染めないジン。かつて転校生としてなかなか学園に馴染めなかったユノハはそんなジンを心配するのであった。

第11話野性の召命

ミカゲより明かされる女性捕獲の真相。アルテアを救う為にレア・イグラーを求めるイズモ、機械天使の目覚めを望むミカゲ、ミコノを執拗に求めるカグラ。アルテア界で３人の男の思いが錯綜する。そして、ミカゲはカグラに1万2千年前の記憶を思い出させるため、再びカグラをヴェーガすなわち地球へと送り込もうと暗躍していた。

第12話アクエリアの舞う空

ジンが学園に馴染んで来た頃、聖天使学園は創立12周年の記念日を迎える。アマタがミコノに告白できず落ち込んでいる様子をみたアンディが”創立記念日”の企画会議という名目でトキメキイベントを計画する。その名も男子寮に女子を招き入れた「パジャマパーティー」。そこでアンディはベルリンを巨大スクリーンとして「アクエリアの舞う空」を上映することを思いつく。

第13話堕ちた巨人

上映会イベントに突如として現れ、荒れ狂うミスラグニス。パニック状態に陥る聖天使学園だったが、アマタ、ミコノ、ゼシカの操るアクエリオンＥＶＯＬで迎撃を試みる。しかし、ミコノはカグラと戦うことに動揺を隠せないでいた。一方、ユノハはジンがアルテア界からのスパイであることを知り動揺してしまう。

第14話個の先

あちこちが壊れた学園に、シュレードの弾く葬送曲が重く低く響き渡る。アルテア界最後の子ジン・ムソウ。その死はアルテア界に大きな衝撃を与える。また聖天使学園のエレメント達にも大いなる悲しみをもたらしていた。とりわけジンと心を通じ合わせていたユノハは誰よりも深い深い悲しみの底にいた。そして、ジンの死によりアブダクターとの戦いが「死」と隣あわせであることを痛感したエレメントに不動は新たな特訓を命じる。

第15話愛の獣たち

墓穴特訓を経て、アマタたちはかけがえのない仲間を失った悲しみを乗り越える。時を同じく、ミカゲによってヴェーガへと送り込まれたカグラが突如ミコノ達の前に現れた。ミコノを奪おうとするカグラとそれを阻止しようとするアマタたちエレメント候補生。墓穴特訓により飛躍的に向上したエレメント能力とカグラの「逆さまの力」が激突する。しかし、獣のように襲い来るカグラの勢いは衰えることなく、逃亡をはかるミコノを猛追するのであった。

第16話魂の告白

敵であるカグラをかばったミコノは、一時外出禁止処分を受けてしまう。「なぜカグラをかばってしまったのか？」「アポロンとシルフィとは？」わからない事だらけで落ち込むミコノをユノハが慰める。一方でミコノの力になれず落ち込むアマタと、アマタへの想いを抱えて不安定なゼシカ。複雑な想いが交錯する中、不動が新たな訓練を提案する。 それはアクエリオン同士による「実戦特訓」であった。

第17話湧きあがれ、いのち

ゼシカの告白により、アマタ、ミコノ、ゼシカの３人の関係が気まずい状況になってしまう。その状況をみた不動は「極秘ミッション」をエレメントたちに課す。目的が明かされないまま一同はベクター３機とヘリで山間部の湖畔に到着。しかし、そこでもミッション内容は明かされず水着での自由行動にて待機との指示がでる。生死を懸けた戦闘の緊張感からしばし解き放たれ羽を伸ばすエレメントたち。そして、ＭＩＸと二人きりになったアンディが勇気を振り絞り募る想いを告げる。

第18話レア・イグラー

アンディへの想いを抱え素直になれないMIX、父から今だに”できない子”と思われたままと知ったミコノ、アマタへの想いを吹っ切るように訓練に没頭するゼシカ。三者三様の女心が錯綜し揺れていた。一方、アルテアでは激化する戦闘に伴う次元ゲートの乱用により、アイアンシーの稼働率が低下の一途を辿る。アイアンシーの停止、それはすなわちアルテアという星の「死」。ついに、最高司令官であるイズモがアルテアの存亡を懸け、ヴェーガへと赴く決心をする。

第19話はじめての再会

アルテアに連れ去られてしまったＭＩＸ。救出に行こうとしても既に次元ゲートは閉ざされ、開け方がわからない。いたずらに過ぎ去っていく時間・・・。頼みの不動も行方不明･･･。どうすることもできないアンディは己の非力さを嘆き、穴に閉じこもってしまう。 一方、そのきっかけを作ってしまったゼシカも自責の念にとらわれていた。その時”１万２千年前のヴィジョン”と共にミカゲが現れる。ゼシカの心の弱みをつくミカゲのささやき。そして、ゼシカは無意識にミカゲと”ある約束”を交わしてしまうのだった。

第20話MI・XY

アルテアに潜入を果たしたアマタたちＭＩＸ救出隊。ゼシカとユノハはベクター機をユノハの能力で透明化させた後、身を隠していた。二人とも喉の調子がおかしく体調も優れない。アンディは捕らわれの身になりながらも自慢の穴掘力を発揮し、必死にＭＩＸを捜索する。そして、謎の部屋に逃げ込んだアマタは若かりし姿を保ったままの母アリシアと遭遇する。混乱するアマタに敵司令官イズモが語り始める･･･アルテアにかけられた”イヴの呪い”の真相を。

第21話接吻

アルテアから無事帰還したが、MIX奪還ミッションは失敗に終わった。特にシュレードの消耗は激しく絶対安静の状態であった。アンディはMIXを取り戻せなかったことを悔いショックを隠せない。ネオディーヴァに暗い影が落ちたままのその夜、アマタは”不可思議な夢”をみる。アマタ、カグラ、ミコノ巡る悪夢。胸に刻まれた不安は消えることなく膨らみ、アマタは不動を探しにいったまま戻らないミコノを探しにいくことを決意する。

第22話復活の翼

ケルビム・ヴェルルゼバに対し苦戦を強いられるスパーダ。だが、シュレードは最終楽章を奏でるべく捨て身の戦いを展開していた。一方、その激しい戦いを背にシルフィを想うカグラとミコノを想うアマタが、彼女（ミコノ）を求め激しい争いを繰り広げる。目の前で争う二人を見つめて「やめて！」と叫ぶミコノ。その時、彼女の涙に呼応するように神殿が崩れ、太陽の翼の復活が始まった。ついに伝説の「神話型アクエリオン」がその姿を現す。

第23話神話センリツ

カグラとミコノを追いかけて、次元ゲートに侵入したアマタ、ゼシカ、シュレード。次元の狭間で激流に翻弄されるも、再合体を果たしスパーダとなる。一方、アマタたちとの通信が途絶えてしまったネオディーヴァでは、不動が１万年と２千年、さらにその１万年と２千年の昔から受け継がれる悠久の神話を語り始めた。時を同じく次元の狭間で彷徨うアマタたちにも同じビジョンが広がる。そして「双星の書」が解禁された。

第24話ephemera

カグラの咆哮に応え「神話型アクエリオン」がついに目覚める。ミコノ、ゼシカを従え、カグラが神話型アクエリオンに乗り込んだ。イズモはアフラ・グニス、ＭＩＸがミクシィ・グニスをそれぞれ操り、レア・イグラーを我が物にしようとするカグラの前に立ちはだかる――。 その頃、地球では神話型アクエリオンの封印が解かれた影響で大混乱に陥っていた。状況を打開するためアンディが次元の壁を貫きアルテア界へと再び突入する。アルテア界でただ一人はぐれたアマタは自分を呼ぶ声に導かれ、運命の再会を果たす。

第25話アダムの断片

カグラとイズモの戦いに終止符が打たれた。悲しみを抱えたアマタは感情を爆発させ、その怒りをカグラへと向ける。かつて別たれたアマタとカグラ。その二人の運命が再び交錯し、決着をつけるべく激しくぶつかり合う。一方、アンディーはMIXから激しい攻撃を受けながらも、記憶を取り戻そうとMIXに命がけで呼びかける。「お前の心に空いちまった穴を俺が埋めてみせる！」と。 そして、アルテアとヴェーガ、双つの星が運命に導かれ近づきつつあった。

第26話LOVE

アマタたちの前にミカゲが操る「黒いアクエリオン」が、その姿を現わす。ミカゲの心の迷宮に閉じ込められたカグラは、そこで囚われたゼシカに遭遇する。ゼシカは、ミカゲの暴走を止めるため、自分を殺して欲しいとカグラに懇願するのであった。一方、ミカゲの乗る「黒いアクエリオン」の圧倒的なパワーに、アクエリオンEVOL一機では全く為す術がない。最大のピンチを前に、アマタ、アンディ、カイエン、ユノハらエレメントたちが集結。持てる力をすべてを発揮する。２万年と４千年前より続く神話の結末がついに紡がれる。

第1話叫べ！創声合体

インターネットの爆発的な普及によって、文字が氾濫した現代。文字の世界「ロゴスワールド」は異常事態に陥っていた。現代文字文化の壊滅を目指す剣嵜荘厳は、ロゴスワールドで「巻」の文字をM.J.B.K（モジバケ）化させ、現実世界を混乱に陥れる。自称・救世主の少年、灰吹陽は、偶然出会った綺声神心音が口にした「世界の危機」という言葉を聞き、強引にベクター壹号機で出撃。M.J.B.Kの猛攻に絶体絶命と思われたそのとき、陽の願いはある文字を呼び出す。

第2話照らせ！意志の光

謎の少年、灰吹陽はアクエリオン煌に合体し、文字の力を引き出した。粗朶桜子は陽の力に驚き、彼を創声部へスカウトする。一方、ディーバに捕まっていた月銀舞亜は、脱出のためにベクター格納庫を目指していた。だがそこで統率のとれた清掃員の動きに圧倒され、なぜか掃除を手伝うハメに。その時、「病」の文字がM.J.B.K（モジバケ）化し、その影響は清掃員の人々にも及んだ。人々の苦しむ姿を目の当たりにした舞亜は、自らの意思で出撃を決意する。

第3話響け！私だけの夢

創声部の新入部員、海凪花嵐は売り出し中のジュニアアイドル。誰にでも愛くるしい笑顔を振りまくが、灰吹陽はその態度の裏にある彼女の本質を見抜いていた。そのころ、荘厳によって「夢」がM.J.B.K（モジバケ）化し、現実世界へ影響をもたらし始める。人々の夢への思いがヒートアップする中、花嵐の母・蘭子も秘めたアイドルへの夢が暴走。母を救いたい思いで出撃した花嵐は、そこで自分の心に秘めていた本当の夢と向き合う。

第4話放て！心射る矢

阿佐ヶ谷最大のイベント、七夕祭りが目前まで迫っていた。名物ハリボテ作りを進めていた創声部だったが、桜子の強引な提案によって朗読劇を披露することが決定。泊まり込みで準備が進められる最中、心音はうまく喋れないという自身のコンプレックスを陽に打ち明ける。だが陽は「お前の声があったから、俺はここにいる」と答える。心音が胸の高鳴りを感じていたそのとき、「恋」の文字がM.J.B.K（モジバケ）化しようとしていた。

第5話取り戻せ！俺たちの夏

七夕祭りの景品として、４名分の伊豆一泊旅行をゲットした創声部。厳選なるジャンケンの結果、舞亜、心音、花嵐、ショウコで出発することが決定した。舞亜は初めて見る海、そして心音たちとの触れ合いの中で、本当の笑顔を見せ始める。そのころSHIROBACOでは、努虫が女子の水着姿をあきらめきれずにいた。その様子を見かねた桜子は、特別に伊豆行きを許可。だが努虫の眼前に広がっていたのは、雪に包まれた阿佐ヶ谷だった。

第6話灯せ！己の強さ

陽はなぜ救世主を目指したのか？創声部で上った素朴な疑問から、舞亜は陽の素性を何も知らなかったことを痛感。SHIROBACOのバイトを早退し、陽の調査を開始する。一方、桜子は創声部頼りの現状に負い目を感じ、自らネスタへ潜入を試みる。だが予期せず剣嵜総と再会。桜子はかつて荘厳の秘書を務め、総とも知り合いだった。相変わらず荘厳に頼り切った総の態度に、イラ立つ桜子。自分の目的も忘れ、つい声を荒げてしまう。

第7話燃やせ！救世の炎

「断」のM.J.B.K（モジバケ）に合体を封じられ、危機に陥る陽と舞亜。陽は「結」の文字を召喚して対抗するが、それこそが荘厳の狙いだった。暴走した「結」の文字は、無関係な人と情報を結びつけ、努虫や花嵐の動画も無差別に拡散されるという異常事態に。やがて炎上騒ぎに発展し、「炎」の文字がM.J.B.K化してしまう。陽と舞亜は、「炎」の文字を正常化しようと試みるが、そこに総のベクターが現れ、M.J.B.Kと融合を果たすのだった。

第8話貫け！虫の一分

努虫の兄、土聞地ノ助は、落語界の未来を担う天才噺家。活動するフィールドは違えど、笑いの道を追求する努虫を、地ノ助は「笑いの虫」と評していた。そのころ、荘厳によって「虫」の文字がM.J.B.K（モジバケ）化。人々は「勉強の虫」や「研究の虫」と化してしまう。努虫と翼人が出撃するものの、瞬く間にM.J.B.Kに飲み込まれ、翼人は「政治の虫」に。だが、努虫だけはなぜか影響を受けずにいた。窮地の中、努虫は自分の本当の気持ちを吐き出す。

第9話晴らせ！誘いの影

目覚めた舞亜は、なぜか無人の阿佐ヶ谷に立ち尽くしていた。この異常事態はM.J.B.K（モジバケ）の影響に違いない。舞亜は確信を抱くものの、この空間から脱出する手段はなく、M.J.B.Kが見せるビジョンに翻弄されていく。総との約束、荘厳の教え、創声部のみんなの夢。自分には荘厳のために生きる道しかないと気付きながらも、陽との出会いで舞亜の気持ちは揺れ動く。だが、その迷いを断ち切るように、謎の影が舞亜に囁きかけるのだった。

第10話届け！本当の声

阿佐ヶ谷神明宮の能楽殿で、演劇に挑戦することになった創声部。心音は主題歌担当だったが、意を決して主役に志願する。だが舞台が始まると、心音は満足な演技ができず、自信を失ってしまうのだった。一方、周辺では「音」が失われる異常事態が発生する。その中でも能楽殿だけは、演劇が生む創声力が防壁となっていた。「音」を取り戻すためには、演技を続けなければならない。能楽殿とM.J.B.K空間を舞台に、創声部の両面作戦が開始される。

第11話羽ばたけ！縛られた翼

理詰めで物事を進める翼人は、陽の根拠のない行動に苛立ちを募らせていた。陽頼みの現状を打開するため、綿密な作戦立案書を作成するも、気持ちは空回りしてしまう。翼人の脳裏に浮かんだのは、真面目で誠実過ぎるがゆえに、不器用な生き方しかできなかった父の姿。父のような失敗を犯すまいと意識しつつも、翼人は同じ生き方を歩み始めていた。そのころ荘厳は「渦」の文字の中に、強大なM.J.B.K（モジバケ）の出現を感じ取っていた。

第12話重ねろ！心と心

総は「離」のM.J.B.K（モジバケ）と融合を果たし、陽と決着をつけるべく出現した。陽は舞亜、心音とともにアクエリオン飛天となるが、「離」の文字の力は心音たちに波及し、合体を強制解除させられてしまう。それでも陽はベクター単体で総に突撃をかけるも、M.J.B.Kの力にかなうはずもなかった。だが間一髪のところで、M.J.B.Kの攻撃から陽のベクターをかばったのは翼人だった。対抗する術はなく、ただ茫然とする創声部のメンバーたち。陽は「救世主になる」ことの本質に直面し、たった一人で出撃することを決意する。

第13話大勝利！我らが救世主

総の絶望は、大いなる文字「無」のM.J.B.K（モジバケ）を呼び出した。「無」は虚無の世界をもたらす恐るべきM.J.B.Kであり、世界からあらゆるものの概念が消失し始める。荘厳は自らロゴスワールドに出現。陽たちに文字文明の愚かさを説くが、舞亜は文字が人類にとって欠かせないものであることを理解し、荘厳と戦う決意を固める。一方、現実世界では様々な概念が消失し、創声部のメンバーを絶望に追い込んでいく。最後に残された希望、それは陽が握りしめていた、ある文字だった。

第14話曝せ！最低の自分

「無」のM.J.B.K（モジバケ）との戦いから一カ月。報告書を作成していた桜子の前に、少年のような「人」のM.J.B.Kが現れる。桜子たちは疑問を抱きつつも、M.J.B.Kに「ヒト」と名付け、創声部に受け入れるのだった。やがてヒトは、受け取った文字をそのまま伝えるという特性を見せ始める。その特性は、安易に文字が拡散する現代では、予期せぬトラブルを招いてしまう。だが桜子は文字のつながりに、絶望してはいなかった。文字が救ってくれるものものある。それを教えてくれたのは、はからずも荘厳であった。

第15話嗚呼！青春の日々

かつて流行した言葉、「死語」が蔓延する異常事態が発生した。それと同時に、かつて倒したはずのM.J.B.K（モジバケ）たちが、小型サイズとなって現実世界によみがえってしまう。それは「死」M.J.B.Kが引き起こしたものだった。桜子の指示で、創声部は急きょ「阿佐ヶ谷ユウレイバスターズ」を結成。現実世界で創声力を具現化する「アクエリペン」を手に、M.J.B.Kの駆逐に乗り出した。だが、かつて自分たちが輝いていた時代を楽しんでいるタカシやユージたちが創声部の前に立ちはだかる。その間にも「死」の影響力は拡大し、死者が姿を現し始めていた。

第16話刻め！宿命の傷

消息不明だった総が、アクエリオン傷とともにロゴスワールドに出現した。陽と舞亜はアクエリオン煌で立ち向かうが、強大な力で一蹴されてしまう。総の様子は明らかに以前とは違い、大いなる創声力に満ち溢れていたのだ。総は「無」のM.J.B.K（モジバケ）に飲み込まれかけた戦いから早二ヶ月、自らの生い立ちと託された想いを知った。亡き母・真央の無念、荘厳の文字文化への恨み、そして愛。総の使命、それは立ちはだかる救世主たる陽を、完膚無きまでに叩き潰すこと。創声力に「選ばれし者」に、もう迷いはなかった。

第17話砕け！討つべきモノ

総の放つ「無限総灰剣（スベテヲカイジンニキス）」によって、アクエリオン煌は致命傷を受け、ベクター壹号機は爆散した。さらに総は陽が残した敵意から、「敵」の文字をM.J.B.K（モジバケ）化、各地で人がいがみ合う事態が発生する。翼人と努虫が出撃するが、その影響力は創声部のメンバーをも浸食。陽は無断でベクター陸号機で出撃するも、機体とエレメントの相性から力を発揮することもかなわない。もはや打つ手はないのか。だが、そのとき陽に何者かが語りかけた。

第18話吠えろ！正直な負け犬

翼人の通う聖創大学で、学園祭が催されることになった。創声部による朗読劇公演が催されるほか、翼人はディベートコンテストに参加。だが「正しい意見」よりも「ノリの良さ」が受け入れられるコンテストに苦戦してしまう。都合のいい嘘をつけない不器用な翼人は、どうしても正論でしか勝負できなかったのだ。そのころ、総は「嘘」の文字をM.J.B.K（モジバケ）化していた。陽と舞亜はアクエリオン燦に合体してM.J.B.Kに挑むも、深い霧に阻まれて本体にたどり着くことができない。

第19話恋せよ！阿佐ヶ谷

阿佐ヶ谷を舞台にしたカップルイベント、「ディスティニー・オン・ジ・阿佐ヶ谷」の開催が間近に迫っていた。参加賞品の１つである王冠に興味を示した陽は、舞亜を強引に巻き込んで参加。さらに努虫やショウコ、心音たち創声部のメンバーもそれぞれの思いを抱いて参加することに。次々と恋の試練に挑んでいくカップルたち。陽はゲームに手こずる舞亜を助けようとするが、「今日は救うな」と拒絶される。舞亜は救世主として誰にでも手を差し伸べる陽に、苛立ちを抱いていた。

第20話知れ！生まれた意味

このままでは陽の存在が消える。ネスタの残した言葉に悩む舞亜は、陽を守るための手掛かりを探すために奔走する。桜子、ケントの協力で政府資料室に赴いた舞亜はそこで「文字を巡る戦い」の真実に触れる。文字を持つものと持たぬものの攻防、そして戦いに終止符を打ったアクエリオンロゴスの存在。だが結局、陽を救う決定的な情報を得ることはできなかった。舞亜は意を決し、ネスタ本社への潜入を決意。そこで舞亜は、自身が生まれた本当の意味をつきつけられるのだった。

第21話悲壮！背徳の合体

総の持つ「創声の書」から発せられた文字「従」の力によって、日本政府は完全に掌握された。SHIROBACOは文字に操られた特殊部隊に占拠されるも、桜子の機転によって陽が餓号機を起動、その力で「従」を無効化。さらに舞亜のもとに貮号機をリモートで送り出すことに成功する。陽と合流した舞亜は、アクエリオン燦となって総のアクエリオン傷と対峙。だが陽の概念が消え去っていくことに耐えられない舞亜は、自ら合体を解除し、総の元へ向かうのだった。

第22話聞け！キミを呼ぶ声

「殺戮の天使」やM.J.B.K（モジバケ）による異常事態は、すべてディーバ日本支部が起こした事件として、政府は支部の解体を決定。ライフラインを断たれたSHIROBACOでは、創声部のメンバーたちが籠城を続けていた。状況を打開するためには、政府上層部にかけられた「創声の書」の力を、餓号機で解放することが必要。だが、陽は「誰も救うことができない」という現実に打ちのめされていた。いつの間にか町を彷徨っていた陽を引き留めたのは、祖父・興之助だった。

第23話蘇れ！月夜の誓い

「創声の書」に操られていた岩上長官は、その呪縛から解放され、「ディーバがテロリスト」という疑いは一掃された。さらに翼人の演説が阿佐ヶ谷の人々の心を動かし、彼らの協力で、人力によるベクターマシンの発進に成功。創声部は、反撃の糸口をつかみつつあった。だが、救世主としての自負を失った陽の心は、いまだ晴れずにいた。そのころ、総の口から語られたのは、幼き日の舞亜との記憶。それは「月夜の誓い」の真実であった。

第24話出撃！我が存在を賭けて

今から1万2千年前、「真理の種族」と「文字の種族」による争いが勃発した。真理の世界に触れることを何よりも尊いことと考える人々と、文字による飛躍的な文明の発達を受け入れた人々。両者の対立は解消することなく、やがて文字戦争と呼ばれる大規模な戦いへと発展してしまう。さらに真理の種族が生み出した「殺戮の天使」が、戦争を混迷させていく。いつ果てるともわからない戦いを終焉へと導いたのは、合体によって誕生した巨人、アクエリオンロゴスだった。

第25話集え！明日を望む声

アクエリオン天（ディーバ）の拳と、アクエリオン語霊（ロゴス）の剣が激突し、陽と総はお互いに一歩も引かず激闘を繰り広げる。その間にも「総」のM.J.B.K（モジバケ）はロゴスワールドの文字を吸収し続け、世界からあらゆるものの概念が消失していった。激戦のさなか、陽の舞亜への思いは、強大な創声力となって総の力すらも圧倒していく。だがその瞬間、ロゴスワールドに大いなる異変が訪れる。ネスタの計画は、最終段階へと突入しようとしていた。

第26話終わらない！アクエリオンロゴス

新たなロゴスワールドの創造には、依り代となる強固な人の意志が必要だった。陽と総は、その座を巡って激突するが、もはや2人の間に闘うための理由などいらなかった。阿佐ヶ谷上空で繰り広げられる2体のアクエリオンの激闘は、人々の心を揺さぶり、世界中で「伝えたい」という強い願いが生まれていく。神話とは、伝えたいという願いが、言葉や文字となって語り継がれていくもの。人々の眼前で繰り広げられる2人の闘いは、まさしく新たな神話の始まりだった。